* Сахаров говорит игроку, что Стрелок взял протестировать прототип устройства защиты от пси-излучения. Но когда в «Тени Чернобыля» игрок (Меченый) приходит к Сахарову, тот говорит, что ничего не знает о Стрелке. Более того, учитывая, что Меченый и есть Стрелок, тем более странно, что Сахаров его не узнал.

* На строительной площадке в Лиманске, если отстреливать Монолитовцев издалека, не заходя на саму стройплощадку, они появляются бесконечно.

* Оружие убирается при входе на базу, даже если игрок в составе своей группировки ведет ее штурм.

* В ряде случаев, если попросить проводника отвести в точку, расположенную в другой локации, игра зависает.

* Лицо Стрелка в разных играх очень сильно меняется.

* Если догнать и убить Стрелка, то в его инвентаре вместо картинки с изображением лица Стрелка будет стоять точно такая же картинка с изображением лица Шрама, как и собственно, у Шрама. А если не убивать Стрелка, то с ним можно и поговорить. Фразы у него такие же как и у диггеров на свалке.

* Если вступить за Долг и отправиться в Тёмную долину истреблять Свободу, то в одном из лагерей последний сталкер станет бессмертным, его невозможно убить из любого оружия!

* Через некоторое время после полного уничтожения одной из группировок, эта группировка возрождается на последней не захваченной точке.

* На старом заводе у входа в лабораторию Х-18 можно заметить отсутствие двери в эту самую лабораторию.

* За возвращение артефакта «Компас» Лесник выдаёт Шраму «Винторез». Если сразу после его получения выйти из меню разговора, то Компас останется у Шрама. Таким образом, этот цикл можно повторять бесконечно.

* Если уйти во время выброса(точней в его самом начале)в Тёмную долину, то потом получаешь наводку идти на базу чистого неба, а так как все люди исчезают то на их базу попасть невозможно.

* Также можно увидеть, что во вступительном ролике Шрам идёт с «Винторезом». Его можно найти в северной части локации Болота, возле железной дороги в очень плохом состоянии.

* Обстановка зданий, деревень и баз Сталкеров в «Чистом небе» значительно отличается от обстановки в «Тенях Чернобыля», в то время как должно было быть наоборот. Так, база Сталкеров-одиночек за мостом на Кордоне выглядит как полноценная крепость, с несколькими кольцами обороны. Обустроены места для механиков и торговцев. Но в «ТЧ» этот же объект выглядит так, как будто бы в нем ни кто ни чего не обустраивал, хотя с момента «ЧН» до «ТЧ» прошло не так много времени (выброс не смог бы сделать такие изменения внутренней планировки, не затронув внешние стены). Аналогичная ситуация с территорией Агропрома, Депо на Свалке (база Бандитов), Базой «Свободы» в Темной Долине.

* В начале игры, Шрам оказывается на Свалке. В ходе боя за закрепление отрядов Одиночек на входе на Свалку, один из Сталкеров-одиночек вооружен «Винторезом». Если убить данного Сталкера и завладеть «Винторезом», происходит Выброс, спастись от которого невозможно, даже перейдя на локацию Кордон и добравшись до здания блок-поста. При этом другие сталкеры остаются живыми и невредимыми. Если не совершать убийства ради «Винтореза» — выброса не происходит.

* При зачистке свалки от отрядов Долга (когда играете за свободу) на точках появляются одиночки, и точка числится не захваченной. Для того чтоб захватить точку, надо убить и отряд одиночек.

* В самом начале игры Шрам должен достать для Сидоровича кейс с хабаром. После выполнения квеста на уничтожение военных Халецкий говорит ему, что кейс спрятан под мостом. Однако, если посетить это место до выполнения квеста, то Халецкий скажет, что хабар спрятан на элеваторе.

* В самом начале игры, если атаковать членов группировки «Чистое Небо» на локации «Болота», то они будут отображаться враждебным красным цветом и будут стремиться уничтожить героя. Однако, на протяжении всей игры Лебедев будет так же выходить на связь со Шрамом, а на локациях «Рыжий Лес», «Лиманск», «Заброшенный госпиталь» и «ЧАЭС» члены группировки будут нейтральными по отношению к главному герою.