Сюжет игры Вам предстоит проходить от лица Дегтярёва, который по прежнему является главным героем игры. По завершении спец. операции Фарватер полученные данные были тщательным образом проанализированы и отправлены для дальнейшего анализа в лабораторию по изучению Зоны, главным консультантом в которой был назначен Стрелок. В своем последнем походе к центру Зоны, Стрелку удается разыскать информацию о секретной лаборатории. На базе Диггеров, Стрелку удается раздобыть один из уникальных образцов аномального происхождения под названием Тектонит. Из разговора Диггеров становиться очевидно, что данный образец должен отправиться в одну из секретных лабораторий Монолита, в которой проходят разработки нового оружия. Поиски лаборатории заводят его в тупик и он вынужден обратиться за помощью к военным.

Становиться очевидным что последние изменения в Зоне Отчуждения напрямую связаны с секретной лабораторией и найденной новой аномальной породой. Стрелок уверен что ему все-таки не удалось уничтожить полностью О-Сознание и в поиске разгадки придется все-таки попасть в эту лаборатория. Из разведданных СБУ становиться известно, что некая группа наемников начала поиски этой лабаратории. Цепочка динамично разворачивающихся событий все-таки приведет главного героя в лабораторию управления Ноосферой, поставив его перед выбором - уничтожить Пророка (Он же младший профессор Кайманов) или во фриплее помочь Монолиту установить всеобщий контроль над Зоной.

Лаборатория


Рабочий посёлок


Колхоз Путь Ильича


Локация Мертвая река


Локация Шахта